Kök hücreler, kemik, bağırsak, deri gibi doku hücrelerinden farklı iki önemli özelliğe sahiptir: Bu hücreler uzun dönemler boyunca kendilerini yenilemek amacıyla bölünebilmektedir. Oysa yukarıda sayılan organlarımızın hücrelerinin bölünebilme kapasiteleri çok daha sınırlıdır. Dahası ve en önemlisi kök hücreden elde edilen yavru hücre, birden fazla çeşit hücre tipine farklılaşabilmektedir. Örneğin, uygun şartlar altında bir kök hücre,kalp kası hücreleri veya pankreasın insülin üreten hücreleri gibi özel işlevli hücrelere dönüşmek üzere uyarılabilirler. Oysa, vücudumuzdaki kemik, cilt veya pankreas hücreleri gibi hücrelerin belirli bir hedefi vardır ve bölündükleri zaman ancak kendilerinin kopyası bir hücre oluştururlar. Misal, dalak hücresi bölünmesiyle yeni bir dalak hücresi oluşturur. Kök hücreler yapı ve özelliklerine göre farklı türdeki hücre ve dokulara farklılaşabilmektedir. Kordon kanındaki kök hücreler; kan yapıcı kök hücreler (tüm kan hücrelerini oluşturma yeteneğine sahip) ve mezenkimal kök hücreler (yağ, deri, karaciğer, kemik, kalp hücrelerine farklılaşma yeteneğine sahip) olarak ikiye ayrılır.